Zotero: 配置

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记录 Zotero 的配置，以便查阅。

Zotero: 配置

Zotero | 打造最佳文献生态（合集）

下载安装

下载地址：https://www.zotero.org/download/

同时安装 PC 版和浏览器插件 Zotero Connector，这样可以直接在知网、万方、web of science等网站上搜索文献，直接点击浏览器插件即可导入文献并下载 PDF。

sequenceDiagram
    participant 我
    participant 网页
    participant Zotero桌面版
    我->>网页: 浏览网页，找到文献A，点击Zotero插件
    网页->>Zotero服务器: 发送文献A的信息
    Note right of Zotero服务器: 将文献A保存到我的账号中
    Note right of Zotero服务器: 尝试下载文献A的PDF
    Zotero服务器-->>我: Great!
    我->>Zotero桌面版: 打开软件
    Zotero桌面版->>Zotero服务器: 同步文献信息
    Zotero服务器->>Zotero桌面版: 发送文献A的信息
    Zotero桌面版->>我: 同步成功！

修改 Zotero 数据储存位置

编辑 –>首选项 –> 高级 –> 文件与文件夹 –> 数据储存位置 –> 自定义

默认储存位置位于 C 盘，容易占用大量空间。

建议安装好 Zotero 后立刻设置这一项，如果更改数据储存位置时已经有数据，则需要手动将默认储存位置中的所有文件移动到新的储存位置中。

功能优化

01 文献多平台同步

如何在Zotero中设置webdav连接到坚果云？ | 坚果云帮助中心 (jianguoyun.com)

每个 Zotero 账号仅有 300 MB 的储存空间用来同步文献，在文献数量多的时候可以使用坚果云的 webdav 来进行文献数据的同步。

坚果云限制的是每月的上传和下载数据量，每月最多上传 1G，下载 3G。

  1. 注册坚果云账号，然后在网页上登录。

  2. 找到右上角的用户名，点击选择【账户信息】进入设置页面。

  3. 进入【安全选项】，找到【第三方应用管理】。

  4. 点击【添加应用】，选择一个应用名称，然后点击【生成密码】，复制好生成的密码准备填写到 Zotero 中。

  5. 打开 Zotero，选择【编辑】-【首选项】，选择【同步】，按照下图所示进行设置。

    1. 坚果云 webdav 网址为：dav.jianguoyun.com/dav
    2. Zotero 会新建一个名叫 zotero 的文件夹用来存放同步的数据
    3. 如果想把同步文件夹 zotero 放在其他位置，需要更改坚果云 webdav 网址。例如，想将同步文件夹放在根目录下的 academic 文件夹中，需要将URL填写为 dav.jianguoyun.com/dav/academic

02 Zotero Library 同步

在 利用坚果云进行文献多平台同步 中，同步的是如下图所示的文献数据库，它们与实际的文件系统并不相同，无法直接查找相对应的文献，也没有同步本机 Zotero 的各类个性化设置。

为了能够在更换PC时更加高效地重新配置 Zotero，可以通过同步整个数据文件夹来备份 Zotero 个性化设置，包括：

  • locate/: 文献搜索引擎配置
  • storage/: 文献附件
  • styles/: 引用样式
  • translators/: 翻译器（文献元数据抓取器）
  • *.sqlite*: Zotero 数据库（个性化设置、文献元数据等）

考虑到最简化的原则，优先采用坚果云进行数据文件夹的同步。然而坚果云免费版存在着每月上传下载流量限制，因此可以根据使用强度选择 OneDrive、DropBox 等没有流量限制的产品。

这里使用 OneDrive 进行数据文件夹的同步：

  1. 获取数据文件夹路径 D:/zotero library

  2. 进入 OneDrive 文件夹，打开 OneDrive

  3. 在 OneDrive 文件夹下打开命令行 Cmd，将数据文件夹通过软链接连接到 OneDrive 文件夹：

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    2
    mklink /J [软链接名称与路径] [链接到的目录]
    mklink /J "zotero-library" "D:/zotero library"

  4. 等待 OneDrive 同步完成即可

03 插件安装

以 zotfile 插件的安装为例，zotfile 插件在这里下载。

  1. 下载 zotero 插件文件，文件后缀通常为 .xpi、.jar 或 .zip。

  2. 打开 Zotero，点击【工具】-【插件】，然后点击右上角的齿轮，选择【Install Add-on From File】

  3. 选择插件文件，确认提示信息，点击【Install Now】即可。

插件的设置、使用和管理通常位于【工具】选项中。

04 文献PDF等附件的管理

安装使用 zotfile 插件，可以实现：

  1. PDF等附件的重命名。也就是按照一定的规则重命名PDF文献。
  2. 导出你在PDF中做的标注作为笔记。
  3. 导出文献的目录。
  4. 将文献发送到平板，从平板接收文献。
  5. ……

详情请见 http://zotfile.com/

05 解析中文文献

在阅读本小节前，可以在浏览器中打开任意中文文献页面，例如 http://dx.chinadoi.cn/10.11897/SP.J.1016.2021.00531，然后点击 Zotero Connector 插件，尝试将其导入文献库。

等待一段时间后，浏览器页面右上角可能会显示文献元数据解析错误，这是因为 Zotero 自带的解析中文文献元数据的程序更新不及时，总会慢于知网、万方、维普等网站的变动。

这里推荐使用 jasminum 插件和非官方维护的 translator：l0o0/translators_CN: Zotero translator中文网页抓取插件 (github.com)。首先在 GitHub 上下载安装 jasminum 插件，即茉莉花插件，它的图标是一朵茉莉花。然后下载 translators_CN 源代码，将文件夹 translator 中的 JS 文件复制到 Zotero 数据储存位置的 translator/ 文件夹中（记得备份原文件）。

之后打开 Zotero，找到【编辑】-【首选项】-【茉莉花】-【非官方维护中文翻译器】，点击【刷新】即可看到新加的 translators，然后可以通过【更新全部】对它们进行更新。然后在浏览器中找到 Zotero Connector 插件，进入【Preference】界面，按照下图所示操作更新浏览器插件中的 translators。

06 管理 DOI & Sci-Hub 文献下载

Zotero 5.0.56 版本添加了 PDF Retrieval 功能，根据文献信息默认使用 unpaywall 查找可用的 PDF。但 unpaywall 只支持 OA 文献，付费文献无法下载。而 Sci-Hub 可以免费下载许多文献，根据文献的 long-doi（数字对象识别码）进行查找。

首先，我们需要能够抓取文献的 DOI。这需要 zotero-shortdoi 插件。它位于 bwiernik/zotero-shortdoi: Zotero extension to retrieve and validate DOIs and shortDOIs (github.com) 中，需要自行下载安装。安装好后，插件显示为 DOI Manager。我们打开【工具】-【DOI Manager Preferences】,按照如下配置进行设置：

对于没有给出 DOI 的文献，可以【右键】-【Manager DOIs】-【Get long DOIs】查找其 DOI。

能够获取 long doi 后，就需要更改 PDF resolver。【编辑】-【首选项】-【高级】-【高级设置】-【设置编辑器】，在里面搜索 extensions.zotero.findPDFs.resolvers 设置，双击将其值更改为：

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{
	"name":"Sci-Hub",
	"method":"GET",
	"url":"https://sci-hub.se/{doi}",
	"mode":"html",
	"selector":"#pdf",
	"attribute":"src",
	"automatic":true
}

由于 Sci-Hub 网站的网址可能会发生变动，因此 url 中的 sci-hub.se 可能会需要更改。

设置好后，面对没有找到 PDF 的文献，可以【右键】-【find available PDF】进行查询下载。

07 使用 Markdown 撰写笔记

Zotero 只提供一个超文本编辑器，控制格式很麻烦，因此使用 Markdown Here 来将 Markdown 语法转为 HTML 语法，这使得我们可以直接使用 Markdown 语法撰写笔记。

首先转到 adam-p/markdown-here 下载 Markdown Here 插件源码，解压后将 src/ 目录下的 common/、firefox、chrome.manifest、install.rdf 四个文件压缩为 markdown-here.zip，这样就做好了 Zotero 插件。然后按照插件安装的流程进行安装即可。

需要注意的是，如果有书写 LaTeX 公式的需求，则需要打开 common/option-store.js，找到 // Common defaults 注释下的 DEFAULTS 变量，更改为如下所示：

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var DEFAULTS = {
  'math-enabled': true,
  // 'math-value': '<img src="https://chart.googleapis.com/chart?cht=tx&chl={urlmathcode}" alt="{mathcode}">',
  'math-value': '<img src="https://www.zhihu.com/equation?tex={urlmathcode}" alt="{mathcode}">',
  'hotkey': { shiftKey: false, ctrlKey: true, altKey: true, key: 'M' },
  'forgot-to-render-check-enabled': false,
  'header-anchors-enabled': false,
  'gfm-line-breaks-enabled': true
};

只需要更改 math-value 字段，也即渲染 LaTeX 公式的 API 地址。我知道的可用的有：

  1. 知乎：https://www.zhihu.com/equation?tex={urlmathcode}
  2. CodeCogs：https://latex.codecogs.com/gif.latex?{urlmathcode}

修改完后再打包安装。

08 添加文献搜索引擎

Zotero 中的文献都含有元数据 metadata，可以构成查询表达式向不同的网络服务进行查询检索。例如根据文献标题和年份在 Web of Science 检索文献页面，在 Web of Knowledge Citing Articles 中检索引用该文献的文献等等。除了检索文献之外，还可以在 Wikipedia、Google等任何提供搜索服务的网页上根据元数据检索信息。

Zotero 的搜索引擎实际上是用 Key 填充搜索服务URL，然后在浏览器打开该 URL 获取信息。整个过程是需要跨软件的，使用 Zotero 中项目的元数据，通过 Browser 浏览搜索结果。

graph LR
    A[我] -->|"点击条目，选择搜索引擎"| B[[Zotero]]
    B -->|"填充URL，打开"| C[[浏览器]]
    C -->|"返回搜索结果"| A

优势：

  1. 提供便捷更新文献的手段
  2. 搜索引擎定制化高
  3. 容易编写搜索引擎
  4. 针对单一文献的发散性检索

搜索引擎配置示例如下：

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{
	"_name": "CrossRef", // 显示的搜索引擎名称
	"_alias": "CrossRef", // 搜索引擎别名
	"_description": "CrossRef Search", // 搜索引擎描述
	"_icon": "https://www.crossref.org/favicon.ico", // 搜索引擎图标
	"_hidden": false, // 是否在搜索引擎列表上显示
	"_urlTemplate": "http://crossref.org/openurl?{z:openURL}&pid=zter:zter321", // 搜索 URL 模板
	"_urlParams": [], // 搜索 URL 参数
	"_urlNamespaces": {
		"z": "http://www.zotero.org/namespaces/openSearch#",
		"": "http://a9.com/-/spec/opensearch/1.1/"
	}, // 搜索 URL 参数命名空间
	"_iconSourceURI": "http://crossref.org/favicon.ico" // 搜索引擎图标 URL
}

Zotero 暂时并没有提供软件内置的搜素引擎添加功能，因此需要打开【数据文件目录】-【locate】-【engines.js】，在里面添加 lookup engine options。

一些搜索引擎配置见 Appendix: Lookup Engines。

09 可视化文献网络

利用 Connected Papers 网络服务获取文献的最相关的几十篇文献。相关性基于共引用和参考书目耦合来计算，意味着有着高度重叠的引用文献的论文的主题相关性更强。

利用文献的相关文献网络图，可以帮助发掘更多重要文献。

添加如下搜索引擎配置：

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{
	"_name": "Connected Papers",
	"_alias": "Connected Papers 相关文献网络",
	"_description": "Connected Papers 相关文献网络",
	"_icon": "https://www.connectedpapers.com/favicon.ico",
	"_hidden": false,
	"_urlTemplate": "https://www.connectedpapers.com/search?q={z:title}",
	"_urlParams": [],
	"_urlNamespaces": {
		"rft": "info:ofi/fmt:kev:mtx:journal",
		"z": "http://www.zotero.org/namespaces/openSearch#",
		"": "http://a9.com/-/spec/opensearch/1.1/"
	},
	"_iconSourceURI": "https://www.connectedpapers.com/favicon.ico"
}

使用方法：选中文献，然后在右上角箭头处点击 Connected Papers；打开浏览器窗口后，再搜索结果中选择正确的文献即可。

Appendix: References

某些网站（例如知网），无论搜索什么，地址栏URL都不会变化，请问如何找到真实的搜索URL地址？ - 知乎 (zhihu.com)

Zotero 搜索引擎清单 · 语雀 (yuque.com)

Airtable - 学术资源搜索引擎

egh.github.io/zotero-lookup-engines/

Airtable - ⚗️ 学术 OneOnOne